Construida justo tras la Conquista de la ciudad por Fernando III el Santo en 1249. Se trata de uno de los templos más antiguos de la ciudad así como su advocación demuestra una extraña pervivencia del latín en la actualidad.
Se trata de un templo gótico mudéjar que se erigiria sobre los restos de una antigua mezquita almohade. De la época de construcción tan sólo conservaría la Fachada de los pies del templo asi como los muros. En 1356, bajo el reinado de Pedro I, sufre una importante renovación ya que quedó muy dañada con el terremoto de 1355. En este momento, se llevaría a cabo la construcción del Presbiterio gótico que consta de 2 tramos rectangulares y otro pentagonal. La cabecera de la iglesia se muestra soberbia al exterior con aparencia defensiva a base de gruesos contrafuertes entre los que se albergan ventanas góticas.
También del momento es la construcción de su hermosa Torre mudéjar que se inspira de forma clara en la Giralda y a modo de imitación utiliza para su decoración los caracteristicos paños de Sebka.
Los avatares del templo no terminan aquí ya que sufrió, al igual que la mayoria de las iglesias de la zona, los embites de las turbas republicanas. En primer lugar en 1931 y luego en 1936. Precisamente fue el 18 de julio de 1936 una fecha fatidica para la historia de esta iglesia. El fuego asoló el templo llevándose consigo hasta las hermosas cubiertas de sus naves. Abrasó sus retablos, sus imágenes, las pinturas y los archivos convirtiendo la iglesia en una imagen desoladora. La valerosa ayuda de su párroco en el momento, D.Antonio Tineo Lara fue crucial al igual que la de su sacristán Francisco de la Plaza. Prediciendo lo que podia acontecer, supieron esconder las imágenes de valor que pudieron en la cripta del templo y en los altos y puestos del propio mercado vecino. La Virgen de Todos Los Santos fue escondida así como los titulares de la Cena que ya jamás regresaron al templo quedándose como sede en la Iglesia de Los Terceros. El párroco supo aglutinar una serie de obras de otras iglesias y conventos saqueados o quemados de toda la geografía de la provincia de Sevilla y así pudo traerse los Retablos de San José y San Antonio de Osuna, el Sagrado Corazón de Herrera, o algunas pinturas del siglo XVIII de Estepa y otras donadas generosamente por particulares. Finalmente la iglesia se puede reabrir a los fieles el día 12 de octubre, festividad de la Virgen del Pilar, del año 1940.
La restauración del templo fue un laborioso pero acertado proyecto del arquitecto Juan Talavera.
Se conservan algunas curiosas fotografias del lamentable estado en el que quedó el templo tras el incendio. Una de ellas se encuentra enmarcada en la propia Sacristia.
El interior del templo se divide en 3 naves mediante arcos apuntados que apean sobre pilares cuadrangulares. El sistema de cubierta de madera de las naves recrea al original perdido de estilo mudéjar y es de par y nudillo en la nave central y colgadizo en las laterales.
El profundo presbiterio se cubre mediante bóvedas de nervaduras góticas en 2 tramos.En este sagrado espacio se encuentra la bellisima titular del templo: La Virgen de Todos los Santos (Omnium Santorum). Su advocación responde a las antiguas fórmulas del rezo del Rosario. A partir del s.XIV se impone invocar a los Santos durante o al final del rezo del Rosario. Fue Alain de la Roche quién extiende la costumbre de después de rezar los 150 avemarías se rezara a los Santos de cada particular devoción. El rezo del Rosario por tanto se dividiria en tres partes: la 1ª dedicada a la Encarnación de Dios, la 2ª a la Pasión y la 3ª a María Santisima y Todos los Santos.
La Virgen es una imagen mariana de gran calidad artistica encargada por la parroquia en 1554 al escultor flamenco, afincado en Sevilla, Roque Balduque.
Responde a la iconografia de Virgen conductora del Niño u Odegetria de fuentes bizantinas que se encuentra en actitud de caminar portando al Niño en su brazo para enseñarle a los fieles cúal es el verdadero camino de salvación y vida. La imagen es la titular de gloria de la Hermanda homónima que procesiona el sábado después justo a su festividad que se celebra el 1 de noviembre. A semejanza de las imágenes de gloria marianas porta el Cetro simbolizando su virtud de otorgar todas las Gracias así como una corona de 12 estrellas que simbolizan las 12 Tribus de Israel y una ráfaga alusoria a su Glorificación.
Esta excelsa talla mariana presenta además una ruptura con la acusada frontalidad para ser vista por el marcado giro o contrapposto del torso.
El profesor Hernández Díaz llegó a llamar al autor, Roque Balduque, el "imaginero de la Madre de Dios" por las versiones tan bellas que realizara en sus numerosos encargos y entre las que destacan La Virgen de la Granada de San Lorenzo, la Virgen del Amparo de la Magdalena o la Virgen de la Rosa de San Vicente.
El Baldaquino en donde se halla es obra de José Paz Campano de 1940 y sustituyó al anterior retablo de estuco que se perdió en el incendio. El nuevo se pudo costar gracias a las donaciones. Se inspira en los baldaquinos de las basilicas romanas y consta de 4 columnas gigantes salomónicas que sustentan un entablamento que a su vez es coronado por una cúpula sobre la que campea la escultura de San Miguel Arcángel del siglo XVIII y que fue traida de Estepa.
En el siglo XVIII a la Virgen se le añaden los Santos para completar su iconografía. Durante mucho tiempo se ha mantenido que el autor de éstos sería Cristóbal Ramos pero en los últimos años según el estudio que se ha llevado a cabo sobre las figuras muchos las acercan más al estilo del escultor Benito Hita del Castillo. Los Santos, dispuestos a los pies de la Virgen quedan divididos en dos grupos formados cada uno de ellos por 3 Santos en actitud orante y sobre una nebulosa. Los seis Santos vendrían a representar los distintos tipos de santos de la Iglesia:
* San José: Representa a los Santos Patriarcas
* San Lorenzo: Representa a los Santos Mártires
* San Basilio: Representa a los Santos Confesores
*San Pedro: Representa a los Santos Apóstoles
*Santo Domingo de Guzmán: Representa a los Santos Predicadores
*Santa Catalina de Alejandria: Representa a las Santas Vírgenes
A los lados las imágenes de San Joaquín y Santa Ana, fechables en el Siglo XIX.
Magnifico es también el Sagrario de plata realizado por Cayetano González
En la nave del Evangelio resaltar los arcosolios funerarios de los Guzmanes cuyas figuras de terracota de los yacentes fueron realizadas alrededor de 1474 por Mercadante de Bretaña. Parece que los destinados a este enterramiento serían el matrimonio formado por el 1er Sr de la Algaba don Juan de Guzmán y su esposa Doña Elvira de Guzmán y Aponte pero jamás estuvieron aqui enterrados. Los paneles cerámicos corresponden a distintas etapas que van desde el siglo XVI a 1940 en el que se reponen los perdidos tras el incendio. Representan a Santo Domingo, San Ramón Nonato y el escudo heráldico de los Guzmanes.
Algunas respisas nos encontramos en esta nave del Evangelio como la que tiene representados a San Francisco de Paula, Santa Apolonia y Santa Bárbara.
La siguiente Capilla es la de las Ánimas y la de los pies la Bautismal que originalmente perteneció a la Familia Cervantes. En ella estuvo depositado el famoso Pendón Verde, insignia de los almohades que fue sacada y enarbolada en la famosa rebelión del barrio de la Feria en 1521 tras una larga temporada de hambruna. El pueblo se amotina contra las autoridades que los oprime y finalmente acaban derrotados, ajusticiandose los cabecillas a los que se les corta la cabeza y se cuelgan en la Ventana del Palacio de los Marqueses vecino.
Este motín se denomina por ello del Pendón Verde.
Hoy en día esta capilla es sede de la Hermandad de los Javieres que se denomina Hermandad y Cofradia de Nazarenos del Santisimo Cristo de las Almas, María Santisima de Gracia y Amparo, María Inmaculada y San Francisco Javier. La hermandad se funda en la iglesia del Sagrado Corazón de los Padres Jesuitas de la calle Amor de Dios por un grupo de la Congregación de Maria que fundara el Padre Diez. Las Reglas serían aprobadas el 21 de junio de 1955. Muy pronto se va a caracterizar por la importante labor social que desarrollan para lo que fundan la conocida Ciudad de los Muchachos para acoger a los niños pobres, huérfanos o abandonados y que fue impulsada por el Padre Trenas que en la actualidad se tiene como el fundador de la hermandad.
El Crucificado es obra del imaginero gaditano José Pires Azcarraga, quien lo realiza en 1947 y la Virgen es obra de Jose Fernández Andes de 1936. La Virgen fue encargada por la Hermandad de San Roque por lo que tiene grabada en su espalda la advocación de Gracia. Al no quedarse con ella la hermandad, pasa a la iglesia del Sagrado Corazón y la corporación mariana de los Javieres la toma como titular para su cofradía. Procesionaria el Crucificado por 1ª vez en 1957 y la Virgen lo haría en 1969 acompañando en el paso al Señor. Saldría ya la Virgen sola bajo palio en 1980. Es la 1ª hermandad que tiene como hermano mayor a una mujer: Maruja Vilchez Trujillo.
Como cotitular desde 1999 tiene a la Inmaculada Concepción, advocación representada por la imagen de gran tamaño que se encuentra a los pies de la Iglesia. La talla estaría inspirada en la Inmaculada de Alonso Cano de la Iglesia de San Julián y fue realizada por Manuel Escamilla.
También reseñar la imagen de San Juan Evangelista cuya cabeza parece ser del siglo XVIII atribuida a José Montes de Oca y a la que se añadiria un cuerpo en el siglo XX por el imaginero Francisco Buiza.
A los pies de la nave de la Epistola se hallan los santos titulares de la hermandad del Carmen Doloroso. La hermandad se gesta en 1982 cuando un grupo de devotos sevillanos estaba cumpliendo el servicio militar en San Fernando, Cádiz, y deciden formar una hermandad para darle culto a la Virgen del Carmen en su advocación dolorosa. Una vez en Sevilla, el proyecto toma forma y la corporación se establece en el antiguo Hospital de la Misericordia llevando a cabo importantes obras asistenciales en colaboración con los hermanos de San Juan de Dios y con las Filipenses de Santa Isabel. En 1984 se bendice la imagen mariana,obra del discipulo de Buiza, Francisco Berlanga y en 1987 se trasladarian a su actual sede. En 1988 saldria por 1ª vez procesionalmente con las andas y candeleria cedida por la Hermandad del Gran Poder de Camas. Acompañando la comitiva iria el Comandante militar de la Marina y una representación de la misma. En 1990 se bendice el titular, el Señor de la Paz, obra de José Reyes, discipulo de Dubé de Luque y a partir de 1997 se iria completando el Misterio de las Negaciones de Pedro en el que se representa la iconografia con Jesus maniatado que fija su mirada en Pedro que le niega en 3 ocasiones ante la presencia de José de Arimatea, un judío y 2 sayones romanos.
En el muro adosados los Retablos de San Antonio procedente de Osuna y del siglo XVIII y de San José de 1760.
En la cabecera, la magnifica talla del Crucificado advocado de la Buena Muerte fechable en el siglo XVI.